Se describen y analizan los principales factores que inciden en la eficacia terapéutica del tratamiento de las drogodependencias en dos instituciones en Medellín-Colombia y su relación con los protocolos de atención clínica construidos a partir de los modelos conocidos como Práctica Basada en Evidencia (PBE) y concretamente, Psicología Clínica Basada en la Evidencia (PsClBE). El diseño metodológico fue cualitativo, se recopilaron los datos mediante la técnica de entrevistas semiestructuradas a cuatro psicólogos clínicos y ocho pacientes de estas instituciones (una de modelo clínico y la otra de comunidad terapéutica). El paradigma que se implementó para procesar los datos fue el interpretativo y el análisis de datos incluyó la triangulación a través del software ATLAS.ti7, emergiendo siete categorías de análisis. Los resultados indican que un adecuado uso; flexible y contextualizado de los manuales, guías y protocolos clínicos permite reconocer la subjetividad y la importancia de la empatía, la actitud clínica, entre otros factores que ayudan a establecer vínculos terapéuticos de cooperación que facilitan la realización de actividades de evaluación, diagnóstico e intervención, y con ello el logro de objetivos propuestos por los psicólogos clínicos que laboran en estas instituciones.