El derecho internacional humanitario prevé tanto la concesión de amnistías al final de un conflicto armado no internacional como su prohibición por crímenes de guerra. Sin embargo, pese a que la figura de crimen de guerra tiene una larga historia en conflictos armados internacionales, su extensión a conflictos no internacionales solo tuvo lugar desde 1995, y aún persisten vacíos sobre su aplicación, particularmente por tribunales nacionales. Por esto, el mandato de la Jurisdicción Especial para la Paz en Colombia para decidir la concesión de amnistías a través de un trámite judicial, y bajo el marco del derecho internacional, plantea retos y oportunidades para delinear el contenido y alcance de la figura de crimen de guerra como límite a dicho beneficio. Al efecto, este artículo analiza la forma como la Jurisdicción ha entendido y aplicado la categoría de crimen de guerra para excluir el beneficio de amnistía en sus primeros tres años de funcionamiento, dando cuenta de las discusiones que subyacen al tema, los referentes aplicables de la normativa y la jurisprudencia internacional, y los aportes que esta jurisdicción está haciendo al aún incompleto desarrollo de la noción de crimen de guerra en los conflictos armados no internacionales.