Esta investigación estuvo orientada a estimar el balance energético basado en fijación de carbono en cuatro sistemas productivos de café en cuatro municipios de las subregiones mayo, centro y occidente del departamento de Nariño (Colombia). La obtención de la información se realizó mediante la aplicación de medidas alometricas para las especies arbóreas utilizadas en los tratamientos y destructivas para el café mediante la extracción y fragmentación de cada uno de sus componentes. Las evaluaciones fueron realizadas durante el primer y segundo semestre del año 2019 en sistemas productivos de cinco años de edad. Se encontró que el mayor déficit se obtuvo en el municipio de la Unión con el tratamiento 1, mientras que el máximo excedente se obtuvo en el tratamiento 3 en el municipio de Sandoná. El tratamiento 2 en el municipio de La Florida presento los mayores valores de emisiones, siendo la fertilización nitrogenada la actividad de mayor emisión. La interacción entre municipio y altitud obtuvo promedios de captura de carbono estadísticamente significativos, siendo los sistemas de La Unión de mayor altitud lo de promedio superiores. Y en cuanto a tratamientos no hay diferencia entre los asocios de café con sombrío. Los resultados indican que los sistemas productivos de café en asocio con especies forestales de sombrío contribuyen a la mitigación del cambio climático, siendo ecosistemas potenciales en la fijación de carbono y para el pago de servicios ambientales.