El continuo e implacable vertido de aguas residuales generados por la mayoría de los usos del agua en cuencas hidrográficas conlleva a la degradación de los ríos en muchas cuencas en el mundo. A pesar de los esfuerzos gubernamentales y no gubernamentales por la descontaminación de las aguas residuales en las cuencas hidrográficas, estos no han sido coordinados dentro de una valoración integral de acuerdo a las condiciones en muchas de estas. 
 El presente artículo se refiere a las perspectivas, desafíos e instrumentos de gestión para alcanzar Objetivos de Calidad del Agua (OCA) en cuencas hidrográficas. Se presenta un análisis y reflexión sobre la panorámica internacional, nacional y regional. Se plantean desafíos a que se enfrentan las autoridades ambientales para alcanzar dichos objetivos, tales como: variabilidad espacio-temporal de la contaminación, discontinuidad y/o confiabilidad de la información, y aspectos socioeconómicos. Se describen algunos OCA en una cuenca española, según la Directiva Marco Europea del Agua (DMA) y otra colombiana. Se proponen instrumentos económicos, jurídicos y herramientas de apoyo a la decisión para que las autoridades ambientales aborden la problemática desde una Gestión Integral de Recursos Hídricos (GIRH), de cara a alcanzar los OCA fijados en dichas cuencas.