El principal objetivo de este estudio es explicar la relación entre la gestión y la sostenibilidad de las instituciones de educación superior públicas (IESPs) y determinar los aspectos relevantes a intervenir en pro de la sostenibilidad y de la facilitación de la toma de decisiones. Se definen asociaciones entre factores latentes: economía, eficiencia, eficacia y calidad. Se recurre a un modelo de ecuaciones estructurales con una base de datos que recopila las percepciones de rectores y vicerrectores de 42 IESPs de Colombia en el año 2017. Los resultados exhiben la relación entre gestión y sostenibilidad y muestran que el indicador de la calidad depende de la investigación. El indicador de economía es influenciado de forma significativa por el presupuesto en infraestructura, hardware y software, seguido de inversión en personal y en planta docente. Se concluye que la eficacia depende tanto de la satisfacción de empleados como docentes, así como de la evolución salarial de los egresados.