Introducción: Los defectos congénitos son un grupo de alteraciones con gran heterogeneidad clínica y etiológica.Su prevalencia en los países en vías de desarrollo alcanza aproximadamente un 7%.En Colombia, un 17% de los niños menores de 1 año mueren a causa de anomalías congénitas.Objetivo: Determinar los factores de riesgo asociados a anomalías congénitas en neonatos del Departamento del Cauca atendidos en un hospital de alta complejidad.Método: Estudio de casos y controles en el Hospital Universitario San José, de Popayán, Colombia.Se incluyeron 174 recién nacidos, con una distribución 1:1 para 87 casos y 87 controles, entre julio de 2018 y julio de 2019.Las variables de interés fueron registradas en un instrumento semiestructurado diseñado por los investigadores.Los datos obtenidos fueron analizados usando métodos de estadística descriptiva, prueba exacta de Fisher y modelos de regresión logística binomial (odds ratio [OR] con intervalo de confianza del 95% [IC95%]).Resultados: Las anomalías congénitas más frecuentes fueron del sistema cardiovascular (40,23%), renales (24,14%) y del sistema nervioso central (13,79%).Las variables que se asociaron a anomalías congénitas fueron la educación de la madre (OR: 2,40; IC95%: 1,23-4,68), la educación del padre (OR: 2,93; IC95%: 1,44-5,93), el antecedente de cesárea (OR: 3,3; IC95%: 1,76-6,42), la hemorragia en el primer trimestre (OR: 6,15; IC95%: 1,32-28,63) y el antecedente de malformación en un embarazo previo (OR: 4,05; IC95%: 1,08-15,07).Conclusiones: De acuerdo con los resultados del presente estudio, para tratar de reducir la incidencia de las anomalías congénitas se deben intervenir los factores de riesgo modificables, como la educación de los padres, tratar oportunamente las patologías maternas asociadas al sangrado del primer trimestre y realizar consejería genética a los padres con antecedente de anomalías congénitas en embarazos previos.Lo anterior podría lograrse al mejorar la calidad y la adherencia al control prenatal.