El objetivo de este trabajo fue evaluar cambios en la diversidad taxonómica y funcional de anfibios en 9 coberturas vegetales en un paisaje altamente fragmentado en los Andes de Colombia. Se registraron 88 individuos de 11 especies de anfibios y la mayor riqueza se presentó en la zona interna del bosque. A partir de 6 rasgos funcionales, se clasificó el ensamblaje de anfibios en 4 grupos funcionales. La composición del ensamblaje de anfibios y la frecuencia de grupos funcionales varió por el efecto del tipo de cobertura vegetal y la temporada climática. En la zona interna del bosque, el índice de riqueza funcional ponderado por la abundancia de la comunidad fue mayor que en el resto de las coberturas vegetales, indicando que en este hábitat los anfibios abarcan un amplio espacio funcional y mejor potencial para explorar los recursos. Los cultivos de cacao y caña, por sus características estructurales permiten la dispersión de algunas especies de anfibios, mientras que los potreros y cultivos mixtos constituyen barreras para su movilidad. A partir de la distribución de las especies y grupos funcionales, se proponen acciones de manejo de los agroecosistemas para incrementar la calidad del hábitat y la conectividad de las poblaciones en el paisaje.