El estudio tuvo como objetivo determinar la prevalencia de Toxoplasma gondii y Mycoplasma agalactiae en ovinos y caprinos del sur de La Guajira y norte del Cesar como parte del establecimiento de un perfil serológico de estas especies animales en la región colombiana. Las muestras de suero (n=1039) fueron analizadas con kits comerciales de ELISA específicos para estos dos patógenos. La prevalencia global encontrada en la región fue del 25.1 y 18.3% para T. gondii y de 0.12 y 0.8% para M. agalactiae, en ovinos y caprinos, respectivamente. Muestras positivas a T. gondii fueron más frecuentes en hembras que en machos. Asimismo, todas las muestras positivas a M. agalactiae fueron determinadas en hembras.