La fermentación del cacao es determinada por el crecimiento de sucesiones de diversos grupos microbianos que varían de una región a otra. En el presente estudio se realizó una caracterización de las muestras tomadas de fermentaciones de unidades productivas del Valle del Cauca a las cuales se les midió la concentración de levaduras, bacterias lácticas, bacterias acéticas y aerobios mesófilos durante 5 días. Adicionalmente se determinó la concentración de azúcares reductores y pH tanto del cotiledón como de la testa mucilaginosa. Finalizada la fermentación se determinó el grado de fermentación (prueba de corte e índice de fermentación). Se presentó un crecimiento de levaduras, bacterias acéticas y bacterias lácticas constante durante los 5 días de fermentación evaluados, a excepción del muestreo 1 que presentó un descenso en la concentración de BAA. Se presentaron temperaturas promedio de fermentación de 26, 27 y 25 °C, consumo de azúcares fue de 64.40, 88.78 y 98.27% para los puntos de muestreo 1, 2 y 3, respectivamente. Conocer el comportamiento de los grupos microbianos y sus respuestas bioquímicas, permiten entender las relaciones entre el crecimiento de la microbiota del cacao y su calidad final, que a futuro permitan mejorar la calidad de los productos derivados.