Los bioproductos agrícolas basados en microorganismos eficientes (EM) constituyen una alternativa viable para disminuir el uso de fertilizantes químicos, y tienen un efecto positivo sobre el crecimiento y desarrollo de las plantas. Este trabajo se realizó con el objetivo de evaluar el efecto de microorganismos eficientes (EM) y FitoMas-E® en la producción de plántulas de pimiento (Capsicum annuum L.), para lo cual se realizó un experimento en un jardín organopónico en el municipio de Matanzas, Cuba. Se estudiaron cuatro tratamientos: control (sin aplicación de los bio-productos), EM (4 mL m-2), FitoMas-E® (0.1 mL m-2) y EM (4 mL m-2)+ FitoMas-E® (0.1 mL m-2). Se estableció un diseño de bloques completamente al azar con tres repeticiones por tratamiento. Se realizó un análisis de varianza para determinar diferencias entre los tratamientos y la prueba de Rangos Múltiples de Duncan para la comparación entre las medias. Se evaluaron los indicadores altura de las plántulas (cm), número de hojas por plántula, diámetro del tallo (mm), longitud de la raíz (cm), el índice de esbeltez, peso fresco y seco foliar y de la raíz (g) y la relación parte aérea/raíz con relación al peso seco. La aplicación de EM y FitoMas-E® tuvo un efecto positivo sobre el crecimiento y la calidad de las plántulas de pimiento en semillero. El tratamiento 4 mostró los mejores resultados con relación a los indicadores morfológicos: altura de la planta (17.19 cm), número de hojas (6.01), diámetro del tallo (3.98 mm), longitud de la raíz (8.82 cm), así como en el peso fresco y seco de las hojas y de las raíces. La aplicación combinada de EM y FitoMas-E fue efectiva para estimular el crecimiento de la raíz y los órganos aéreos, manteniendo una relación parte aérea/raíz entre 1.28 y 2.5, lo cual es importante en función de obtener plántulas de pimiento con calidad.