Objetivos Determinar la concordancia y el subregistro entre la notificación de brotes en registros individuales y colectivos de enfermedad transmitida por alimentos, notificados al sistema de vigilancia en salud pública durante 2013.Métodos Análisis retrospectivo a partir de la revisión y depuración de las bases de datos de enfermedades transmitidas por alimentos de registros individuales y colectivos notificados al sistema de vigilancia en salud pública; se determinó la concordancia entre brotes notificados en cada registro por entidad territorial. A través del método captura–recaptura se estableció el subregistro de brotes notificados, estimando la pre- valencia para cada registro. Resultados El 38,4% de los brotes de enfermedades transmitidas por alimentos se noti- ficaron en ambos registros, el 11,3% en colectivo y el 50,3% en individual. Por medio del método de captura y recaptura, se estimaron 1 680 brotes (IC-95%; 1 632-1 730), se determinó que en registro individual se detecta el 77,5% y en colectivo el 43,3% de los brotes estimados, para un subregistro del 12,8% de brotes. Discusión Se estableció una baja concordancia entre ambos registros y un alto subre- gistro en registro colectivo al sistema nacional de vigilancia; lo que dificulta la detección de brotes y oportuna aplicación de medidas de mitigación y control.