El río Quito se constituye en la corriente principal que surca el territorio del municipio del mismo nombre, el cual tiene un caudal en verano de 200 m3/seg haciéndolo navegable durante todo el año. Sobre este y algunos de sus afluentes, se desarrollan actividades mineras. Con la finalidad de analizar los aportes contaminantes de fuentes hídricas que vierten al río Quito, se realizaron mediciones, in situ y de laboratorio, de variables fisicoquímicas como temperatura, conductividad, sólidos disueltos, sólidos suspendidos, turbiedad, oxígeno disuelto, pH, hierro, nitrato, nitrito, sulfato, fosfato, sólidos totales, grasas y aceites, tanto en la parte media como baja de la cuenca teniendo en cuenta algunos confluencias de otros cuerpos de agua a la misma. Se seleccionaron seis puntos de muestreo en la parte media y cuatro en la parte baja, para un total de diez puntos; a partir del análisis realizado en los tramos muestreados, queda al descubierto que el desarrollo de actividades mineras sobre el río Quito y otros cuerpos de agua que a este vierten, representa una alta influencia en las características fisicoquímicas del agua y por lo tanto en la calidad de la misma sobre todo en su parte media; todo esto teniendo en cuenta, que se incrementaron los valores de solidos disueltos, suspendidos y totales, al igual que la turbiedad del agua y otras variables fisicoquímicas como algunos nutrientes junto con las grasas y aceites.