[Introducción]: La evaluación del suministro de servicios ecosistémicos por los diferentes usos del suelo de la agricultura familiar facilita plantear estrategias para el uso sostenible de la tierra. [Objetivo]: Se determinaron los efectos de diferentes usos del suelo practicados en la agricultura familiar, sobre la conservación de la diversidad arbórea y el suministro de servicios ecosistémicos críticos: almacenamiento de carbono aéreo y subterráneo y servicios de soporte que provienen del suelo, en la Reserva de Biosfera del Bosque Mbaracayú (Canindeyú, Paraguay). [Metodología]: Fue determinada la biodiversidad arbórea, el almacenamiento de carbono aéreo y de suelo, las propiedades químicas y físicas del suelo en 7 fincas con diversos tipos de cobertura: bosque nativo alterado, sistemas agroforestales con yerba mate, cultivo anual de subsistencia y pasturas. En cada uno de los puntos de muestreo, fueron registrados datos de los individuos arbóreos y arbustivos, y fueron tomadas muestras del estrato herbáceo, hojarasca y suelo. [Resultados]: Se registró mayor índice de diversidad y almacenamiento de carbono aéreo en bosques nativos alterados y sistemas agroforestales, sin diferencia significativa entre ellos. Los valores de CIC y Ca+2 de suelo fueron más elevados en los bosques nativos alterados comparado con pasturas, y los otros usos presentaron valores intermedios. No hubo diferencias significativas entre los diferentes usos en cuanto al carbono almacenado ni en estabilidad de la estructura del suelo. Sin embargo, las pasturas presentaron índices de calidad de suelo más bajos. [Conclusiones]: Se demostró que bosques nativos alterados y sistemas agroforestales aportan más a la conservación de la diversidad arbórea, retención de carbono y calidad del suelo.