Este artículo presenta los resultados de investigación relacionados al proyecto Filosofía para/con Niños (Fp/cN) como un estudio de innovación educativa en el desarrollo del pensamiento científico en instituciones educativas rurales del departamento de Boyacá. La propuesta parte de una construcción teórica del ambiente de aprendizaje y la configuración de éste desde la perspectiva del programa Filosofía para Niños (FpN) de Mathew Lipman, y las apropiaciones referentes a Filosofía con Niños (FcN). Así mismo, con el objetivo de diseñar y desarrollar un ambiente de aprendizaje creado en clave de comunidad de indagación, el estudio tuvo en cuenta diferentes experiencias documentadas que permitieron la aplicación y evaluación a manera de estudio de caso, de una propuesta desarrollada en el área de Ética y Valores Humanos con estudiantes de grado sexto de una institución educativa de la ciudad de Tunja. Se concluye con las aportaciones y pertinencia de la comunidad de indagación como ambiente de aprendizaje, la cual, se plantea como una posibilidad de transformación curricular de la institucionalidad educativa.