En las últimas décadas, la vegetación que circunda los complejos cenagosos dela llanura aluvial del Atrato ha sido transformada debido a la explotación intensiva a la que ha sido sometida. El grado de afectación varía de acuerdo con la ubicación y con la intensidad del disturbio, situación que a su vez ha provocado el cambio en la composición y estructura de este importante recurso, cuyas consecuencias ecológicas son difíciles de valorar. En este sentido este artículo hace un análisis del estado actual de la vegetación que circunda estos ecosistemas y las implicaciones que ha tenido la transformación de la misma. Para lo anterior se tomó como base estudios realizados en los complejos cenagosos y ciénagas de la zona media y baja del Atrato y se comparó la vegetación presente en estos, concluyendo que aunque existen vacíos de información referentes a la composición y estructura en la mayoría de estos complejos cenagosos; el ritmo acelerado con que se transforman estos ambientes ponen en riesgo la diversidad contenida en ellos y por consiguiente la seguridad alimentaria de las poblaciones asentadas en esta parte del territorio.