Alopoglossus is a Neotropical lizard genus the taxonomy of which has extensively evolved over the past decade. Previous works suggest that many species still remain unnamed in this genus. Here, we expand the knowledge of Alopoglossus diversity in Amazonian lowlands. Molecular phylogenetic relationships, and species boundaries, were inferred based on the variation of mitochondrial (Cytb and ND4) and nuclear (SNCAIP and PRLR) loci. Morphological variation was assessed through analyses of external morphology of 401 specimens, covering the entire distribution range of Alopoglossus angulatus and its closely related taxa, and hemipenes of five specimens were examined. Combined, our evidence supports the recognition of three new species. We describe these species and redefine A. amazonius sensu stricto, increasing the number of known Alopoglossus species to 18. Our study also presents the first detailed descriptions of hemipenes for the genus. Alopoglossus é um gênero de lagarto neotropical que a taxonomia tem evoluído substancialmente na última década. Trabalhos prévios sugerem que muitas espécies ainda não foram descritas neste gênero. Neste trabalho nós ampliamos o conhecimento da diversidade de Alopoglossus na Amazônia. Relações filogenéticas e delimitação de espécies foram inferidas baseadas na variação de loci mitocondriais (Cytb and ND4 ) e nucleares (SNCAIP and PRLR ). Variações morfológicas foram acessadas através da análise da morfologia externa de 401 espécimes cobrindo toda a distribuição de Alopoglossus angulatus e espécies próximas, e a morfologia hemipeniana através da análise de órgãos de cinco espécimes. Combinadas as nossas evidências suportam o reconhecimento de três novas espécies. Nós descrevemos essas espécies e redefinimos A. amazonius sensu stricto , aumentando o número de species de Alopoglossus para 18. Nosso estudo também apresenta a primeira descrição detalhada de hemipênis para o gênero. Figure S1. Bayesian phylogenetic tree (A) and haplotype network (B) inferred from a fragment of the nuclear DNA locus PRLR Figure S2. Bayesian phylogenetic tree (A) and haplotype network (B) inferred from a fragment of the nuclear DNA locus SNCAIP Figure S3. Hemipenis of the paratype of Alopoglossus indigenorum sp. nov. (INPA-H 30243) Table S1. Accession numbers and complete information related to our molecular dataset Table S2. Summary of the variation in measurements between males and females of Alopoglossus amazonius, A. gansorum sp. nov., and A. indigenorum sp. nov List S1. Referred specimens Data S1. Ribeiro-Junior_et_al_PRLR Data S2. Ribeiro-Junior_et_al_SNCAIP Data S3. Ribeiro-Junior_et_al_CYTB Data S4. Ribeiro-Junior_et_al_ND4 Data S5. Ribeiro-Junior_et_al_concatenated_alignment Please note: The publisher is not responsible for the content or functionality of any supporting information supplied by the authors. Any queries (other than missing content) should be directed to the corresponding author for the article.