La melisopalinología es una disciplina que se basa en determinar el origen botánico y geográfico de las mieles, sin embargo, este método es altamente demandante en tiempo y recursos, por lo cual, diseñar herramientas que permitan optimizar este análisis sería un aporte a la industria de la miel y los apicultores de la región. El objetivo de esta investigación es implementar una metodología que permita estimar el esfuerzo óptimo de conteo de polen presente en una muestra de miel de una colonia de Apis mellifera y otra de Melipona eburnea, así como también comparar la composición de las muestras polínicas de la miel en cada una de las especies. Las muestras de miel fueron tomadas de dos colmenas (una para A. mellifera y otra para M. eburnea) ubicadas en la vereda El Tabor del municipio de San Carlos. Cada una de las muestras se procesó mediante acetólisis. Al realizar la estimación de la riqueza, se estandarizaron las muestras mediante el método de rarefacción/extrapolación y, a su vez, se realizó el análisis de diversidad beta. Finalmente, se hizo una red de interacción entre las familias de plantas y las especies de abeja. Las plantas de interés apícola estuvieron representadas en 17 familias, las más sobresalientes fueron Fabaceae con un 24 % para A. mellifera y la familia Melastomataceae con un 86 % para M. eburnea. Sumado a esto se contaron 10 campos visuales para cada una de las muestras y se realizó una curva de acumulación para los tipos polínicos. Con base en estos datos, se logró apreciar que la curva se estabilizó para A. mellifera pero para M. eburnea aún es importante realizar un esfuerzo de muestreo más amplio. Con base en esto, se apoya la idea de que, al utilizar el método de rarefacción/extrapolación con base en el número de individuos (granos de polen), es posible diseñar muestreos flexibles y más eficientes sin la necesidad de igualar el esfuerzo de muestreo entre comunidades, principalmente cuando el tiempo y los recursos son limitados.