(analítico)La salud mental de los niños, niñas y adolescentes institucionalizados en hogares es un desafío clínico y ético para Chile y América Latina. Con el objetivo de explorar experiencias y desafíos percibidos por profesionales de la atención primaria de salud que atienden esta población, se realizó una investigación cualitativa, utilizando un cuestionario con preguntas abiertas. Los datos se analizaron mediante teoría fundamentada. Los resultados mostraron que la atención era parcializada y discontinua. La información sobre el desarrollo vital, la familia, los contextos de vulneración e institucionalización era insuficiente y fragmentada. Además, existía escasa coordinación entre las instituciones que intervienen simultáneamente con los niños, niñas y adolescentes. Se discuten las implicancias para la formación de equipos de salud mental de la atención primaria de salud y la implementación efectiva del trabajo intersectorial y multinivel. Palabras clave: Salud mental, salud pública, adolescencia vulnerada.