Los archivos forenses son de gran importancia durante la investigación criminal y su preservación son un reto continuo para los sistemas judiciales. Un primer paso hacia su preservación es identificar los microorganismos que podrían representar un riesgo de biodeterioro para los documentos. En este trabajo, se utilizaron técnicas basadas en cultivo para el aislamiento de bacterias y hongos en el ambiente y sobre superficies de documentos deteriorados de un archivo histórico del Instituto de Medicina Legal y Ciencias Forenses, Regional Noroccidente de Colombia. Se aisló al menos un microorganismo en el 77,3% de los documentos evaluados, con predominio de hongos como Cladosporium sp. (27,4%) y otros hongos filamentosos como Aspergillus sp. (24,4%) previamente asociados a biodeterioro. Entre las bacterias aisladas más frecuentes se encontraron Staphylococcus sp. coagulasa negativa (16,1%), Streptomyces sp. (8,1%), entre otras, asociadas con alteraciones macroscópicas en los documentos. En el ambiente se encontraron Cladosporium sp. y Fusarium sp. Es necesario fortalecer la vigilancia y el control microbiológico en el ambiente y los archivos forenses para garantizar la preservación de los documentos y prevenir infecciones respiratorias y alergias asociadas en el personal encargado de su manejo y los usuarios.