El departamento de Boyacá actualmente presenta bajos niveles de innovación, lo cual repercute directamente en su crecimiento económico y en la sostenibilidad de sus empresas. Este artículo estudia el caso de dos empresas que tuvieron acceso directo a recursos públicos para la promoción de la innovación, con el objetivo de analizar la influencia de dicha inversión sobre el desempeño general e innovativo de la empresa y su aporte al crecimiento económico del departamento. Se desarrollaron tres etapas empleando la metodología de estudio de caso: en primer lugar se elaboró un modelo de análisis que permitiera la construcción de indicadores de tipo cuantitativo y cualitativo; en segundo lugar se aplicó este modelo en dos empresas que tuvieron acceso a recursos a través de convocatorias públicas para la ejecución de proyectos de innovación. Y en último lugar se presentaron algunas recomendaciones a los actores involucrados para aumentar la eficiencia de la inversión de estos recursos.