El presente estudio evaluó el rol mediador de la innovación en la relación entre el capital intelectual y la competitividad de las pequeñas empresas del sur colombiano. Se realizó la recolección de la información en diez organizaciones pertenecientes a diferentes sectores económicos (servicios, financiero y producción), a las cuales se aplicó un cuestionario con diferentes escalas de medición como instrumento de recolección de datos. Para probar las hipótesis de investigación y evaluar las relaciones y efectos entre las variables se utilizó un Modelo de Ecuaciones Estructurales. La investigación demostró que el efecto significativo de capital intelectual en la competitividad de las empresas fue completamente indirecto basado en nuestro modelo, dado que se transmitieron a través de la innovación. El estudio contribuye al debate sobre el efecto simultáneo de las dimensiones del capital intelectual (humano, estructural y relacional) sobre la competitividad empresarial, mediado por la variable de innovación en la pequeña empresa del sur colombiano.