Introducción: La validez garantiza la medición, al dar cuenta del atributo contribuyendo al mejoramiento de estrategias de enseñanza y aprendizaje de la Anatomía. Objetivo: Determinar la validez de contenido del cuestionario de percepción del aprendizaje de la Anatomía con el software Cyber Anatomy en estudiantes de Ciencias de la Salud. Métodos: Evaluación por juicio de 5 expertos (grado de acuerdo por ítem), desde el modelo de planilla para la validez de contenido, los datos obtenidos se registraron en Excel y el análisis en ReCal statistics, consiguiendo el coeficiente de confiabilidad para múltiples codificadores nominales, porcentaje medio de concordancia por parejas y Kappa de Fleiss. Consistencia interna mediante el coeficiente alfa de Cronbach y análisis factorial para correlación entre los ítems, además se empleó la estrategia varimax. Resultados: La fuerza de concordancia según el Coeficiente Kappa de Fleiss, para el instrumento general es casi perfecta (0.861), porcentaje de acuerdo entre los expertos evaluadores de 92% en la comprensión, y el alfa de Cronbach (0,806) expone una fuerte aglutinación entre las preguntas desde las dos dimensiones del instrumento: proceso de aprendizaje y ambiente de aprendizaje. Desde el análisis factorial, los factores corresponden a 2, que explican en un 66% la varianza, el componente 1 con 50%, finalmente, la rotación varimax indica que el componente 1 explica la varianza en un 42%. Conclusiones: La implementación de estrategias investigativas para el uso de cuestionarios validados en recursos didácticos como el Cyber Anatomy, permiten la comprensión de la percepción del aprendizaje mediante herramientas tecnológicas.