La comunidad fitoperifítica es un componente clave para la estructura y el funcionamiento de los ecosistemas lóticos. Dada la importancia de esta biota en los ambientes dulceacuícolas, se diseñó el presente estudio orientado a identificar cómo responde la comunidad fitoperifítica a variaciones temporales tales como el régimen pluviométrico y los cambios espaciales (por ejemplo, la disponibilidad de hábitat y sustratos en el río Alvarado y algunos tributarios). En cada punto demuestreo se realizaron raspados de la superficie de los sustratos en inmersión de fácil remoción (roca y tronco). En cuanto a la densidad fitoperifítica no se observaron diferencias significativas a nivel espacial, temporal y de sustratos. Con relación a la diversidad de Shannon se encontraron diferencias significativas a nivel temporal. Según el análisis EMNM y el análisis de similitud, la composición de la estructura de la comunidad varió a nivel espacial (R: 0,2059, p: 0,002) y temporal (R: 0,1529, p: 0,002). Las variables fisicoquímicas DBO5, sólidos totales, coliformes totales, fósforos y alcalinidad influyeron de manera significativa en la distribución de los taxones. Los resultados de esta investigación permitieron identificar que, en las estaciones evaluadas, la estructura de la comunidad varía a nivel espacial y temporal debido, principalmente, a factores ambientales que influyen en el proceso de colonización y sucesión.