Este artículo de investigación tiene como objetivo diseñar una metodología para el mejoramiento de la innovación organizacional en el sector logístico de la ciudad de Cartagena, Colombia. Se utilizó la metodología de estudio de casos múltiples, la cual parte del análisis de nueve ejes determinantes de la innovación organizacional (cultura, estrategia, planificación, personas, procesos, herramientas, productos/servicios, eficiencia y capitalización) en 5 empresas pertenecientes al sector. A partir de lo anterior, se diseñó una metodología que busca mejorar los niveles de innovación organizacional de las empresas objeto de estudio, basándose en el diseño estratégico, los procesos y los resultados.