El uso de los peces y la relación con los ecosistemas acuáticos ha sido una constante en la historia del país, pero solo hasta la década de 1970 se vio la necesidad de llevar registro de las capturas y regular su uso para su conservación. Análisis de las categorías de amenaza de los peces de la cuenca indican que el Magdalena presenta el mayor número de especies amenazadas del país, siendo una de las más amenazadas de todos los Andes tropicales, con esfuerzos insuficientes por manejar sus especies o por conservarlas. Así, las medidas se han basado en el enfoque clásico de manejo de pesquerías monoespecíficas de zonas templadas, centrándose en las especies comerciales de consumo, y más recientemente ha incluido especies ornamentales y algunas medidas para los ecosistemas acuáticos, con un enfoque jerárquico que no incluye a los pescadores en la formulación de las medidas, y con falencias en el seguimiento y en la evaluación de sus objetivos. Se evidenció que las medidas cubren solo un cuarto de las especies de la cuenca y que es necesariocambiar al manejo de las pesquerías multiespecíficas tropicales, requiriéndose una estrategia a nivel nacional, de largo plazo, que integre y articule las diferentes medidas, instrumentos y órganos de manejo, ordenamiento e implementación de acciones para la conservación de la cuenca y sus recursos acuáticos. Todo esto debe estar enmarcado en una visión socioecosistémica incluyente y participativa de protección de los ecosistemas acuáticos, con soluciones basadas en la naturaleza a escala de cuenca.