La necesidad de las pequeñas y medianas empresas por innovar y las limitadas prácticas de gestión humana que estas presentan hacen que surja una creciente investigación sobre cómo las características internas de la organización, enfocadas en el personal promueven que la innovación sea mayor. Frente a la escaza literatura de esta relación en empresas de menor tamaño en Colombia y la constante necesidad de ser competitivos, esta investigación tiene como objetivo identificar el efecto de las prácticas de gestión humana sobre la innovación de las Pymes colombianas. Para cumplir con este objetivo se aplicaron 492 encuestas a gerentes de las Pymes de Cali, Bogotá y Medellín. Como resultado de esta investigación se evidencia que las prácticas de gestión humana sí tienen un efecto sobre la innovación, pero no con la misma influencia. Por su parte la selección de personal y la evaluación de desempeño tienen un efecto sobre la innovación en productos, en procesos y sobre la innovación global, mientras que la compensación solo tiene efecto sobre la innovación en productos. El resto de prácticas de gestión humana no revelan ningún tipo de efecto. Esta investigación aporta a la priorización de prácticas de gestión humana para la innovación y su manejo dentro de las pequeñas y medianas empresas.