Introducción: Este estudio muestra las diferencias en la variabilidad de la frecuencia cardiaca (VFC) entre hombres y mujeres ciclistas profesionales, durante un test máximo incremental. Objetivo: Evaluar la VFC en ciclistas profesionales hombres y mujeres de pista durante un test máximo incremental de 12min. Métodos: Participaron 18 ciclistas profesionales que compiten en pruebas de pista, 7 mujeres edad: 22±5.9 años; años de entrenamiento 5.8±2.9 y 11 hombres edad: 21.4±4.4 años; años de entrenamiento 6.7±3.3. El test incremental para hombres inició con 100 vatios e incrementos de 50 vatios hasta 300 vatios, luego incrementos de 20 vatios, cada 2 minutos, cadencia pedaleo 75-90 rpm. Las mujeres iniciaron con 50 vatios, incrementos de 50 vatios hasta 200 vatios, luego incrementos de 20 vatios, cada 2 minutos, cadencia pedaleo 65-80 rpm. Resultados: Primera etapa, no existió diferencia significativa de la VFC entre los grupos. Segunda etapa, RMSSD fue mayor significativamente en las mujeres. Tercera etapa, LF/HF fue significativamente mayor en hombres. Cuarta a sexta etapa, no existió diferencia significativa en la VFC. Durante el primer minuto de recuperación, no existió diferencia significativa de la VFC. Conclusiones: Durante un test incremental en ciclistas entrenados en velocidad se observan diferencias significativas en la VFC pero a diferentes intensidades de ejercicio entre hombres y mujeres. En cambio, a la misma intensidad de ejercicio no existen diferencias significativas en la VFC, al igual que en el primer minuto de recuperación. Esto indica que en la evaluación de la VFC donde se incluyan hombres y mujeres el protocolo del test incremental debe ser exactamente el mismo.