En este artículo se exponen los resultados de una investigación sobre la gobernanza de los sistemas agroalimentarios locales. Se estudian dos sistemas productivos: la zarzamora (Rubus fruticosus) en el municipio de Los Reyes, Michoacán, México; y la mora (Rubus glaucus Benth) en el municipio de Pasto, Nariño, Colombia. La metodología aplicada tiene un enfoque cualitativo y está basada en recorridos de campo, entrevistas informales y semiestructuradas, así como en dinámicas grupales. Este enfoque fue complementado con fuentes bibliográficas y estadísticas. Ambos casos de estudio son críticos o de contraste porque se analizan modelos de gobernanza que muestran las contradicciones de la economía agroexportadora, como en el caso de Los Reyes, y de la campesina, en el caso de Pasto, en torno a un producto agrícola con alta demanda. La hipótesis de investigación es que la gobernanza de ambos sistemas se realiza de manera jerárquica, con el papel protagónico del mercado de exportación, en un caso, o de la gestión pública, en el otro. Sin embargo, en los intersticios de estos tipos de coordinación se mueven los actores que permiten observar la construcción incipiente de formas de gobernanza descentralizada y de sistemas agroalimentarios locales, con base en la apropiación de las tecnologías de cultivo, la transmisión del conocimiento y el arraigo territorial del producto. Se concluye que la investigación de estos modelos de gobernanza es de importancia para las políticas públicas de desarrollo territorial.