El reconocimiento de la objeción de conciencia institucional en Colombia ha generado posturas contradictorias dentro de la interpretación que hace la Corte Constitucional del derecho fundamental a la libertad de conciencia. Aunque hay una postura que es vinculante y otras que no, actualmente los distintos pronunciamientos generan confusión en funcionarios, jueces y ciudadanos. El presente trabajo realiza un análisis a partir de la postura vinculante que reconoce la libertad religiosa y de conciencia a las instituciones (T–738 de 2015), observando que es la que se debe aplicar. Se evidencia también que las demás posturas que ha sostenido la jurisprudencia, además de no ser vinculantes, están basadas en un tratamiento poco riguroso de esas libertades fundamentales.