Introducción: La resistencia a los antimicrobianos y la tolerancia a biocidas está dada por mecanismos comunes, generados por su uso en diferentes ambientes; mecanismos como la expresión de bombas de expulsión presentes en bacterias del género Enterobacter circulantes amenaza la eficacia de los antimicrobianos limitando las opciones de terapia antibiótica. Objetivos: Determinar el perfil de tolerancia al triclosán y detección de genes asociados a bombas de expulsión en aislados clínicos de Enterobacter aerogenes y Enterobacter cloacae. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio observacional, descriptivo y de corte transversal, se determinaron perfiles de tolerancia al triclosán por microdilución, de susceptibilidad antimicrobiana, confirmación fenotípica de mecanismos de resistencia, por reacción en cadena de la polimerasa, se identificó la presencia de genes que codifican para bombas de expulsión. Resultados: El 17% correspondió a Enterobacter cloacae y el 6% Enterobacter aerogenes. El 93,7% de los aislados clínicos del género Enterobacter presentó el fenotipo de resistencia BLEE y AmpC. En el 81,3% de los aislamientos se obtuvo la presencia de al menos un gen relacionado con las expresión de bombas de expulsión, siendo frecuentes MexC y AcrB; no identificó presencia del gen oqxA. Conclusiones: La resistencia a diferentes grupos de antibióticos se identifica en especies de Enterobacter circulante, así la presencia de enzimas BLEE y AmpC, la presencia de genes relacionados con bombas de expulsión y la alta tolerancia al triclosán.