Resumen Introducción Las desigualdades en salud están vinculadas a la organización social y reflejan la inequidad presente en una sociedad. La sífilis congénita es un problema de salud pública en países menos desarrollados, su incidencia se relaciona con la pobreza. Objetivo Analizar las desigualdades en la incidencia de sífilis congénita relacionada con las condiciones de vida en las localidades de la ciudad de Bogotá, Colombia, en los años 2013 y 2014. Método Se realizó un estudio ecológico de grupos múltiples. La información se tomó de fuentes oficiales (SIVIGILA y RUAF) de la ciudad. La información del índice de condiciones de vida (ICV) se tomó de la Encuesta Multipropósito (Bogotá, 2011). Se utilizó la fracción atribuible como medida relativa de desigualdad y el coeficiente de Spearman (rho) como medida de correlación. Resultados La ISC acumulada en el periodo 2013-2014 fue de 2.08 por 1000 nacidos vivos, aumentó en localidades observadas como Mártires y Santafé, el exceso de riesgo de nacer con sífilis congénita fue de 94%, en ciudad Bolívar y Usme fue de 90% y 80% respectivamente. Conclusión las desigualdades evidenciadas en la ISC entre las localidades de Bogotá, se relacionó con las desigualdades encontradas en el Índice de Condiciones de Vida.