Este artículo compara la producción científica de Perú y Ecuador entre 2009 y 2018. Se recuperaron documentos con al menos una afiliación peruana o ecuatoriana desde el Science Citation Index Expanded, Social Sciences Citation Index, Arts & Humanities Citation Index y Emerging Sources Citation Index de la base de datos Web of Science. Se evaluaron la tendencia y el crecimiento exponencial de la producción científica, se identificaron instituciones y áreas temáticas más productivas. Se estudió la estructura intelectual de la producción científica peruana y ecuatoriana mediante el análisis de acopla-miento bibliográfico de autores (AABA) y el análisis de cocitación de autores (ACA). Los resultados muestran que Perú tiene mayor producción acumulada que Ecuador. Sin embargo, Ecuador tiene mayor producción en los tres últimos años, incluso con pronóstico de seguir produciendo más que Perú. Las instituciones más productivas en ambos países son las universidades, y las categorías temáticas más productivas para Perú son salud ocupacional y ambiental y, para Ecuador son investigación educativa y ciencias ambientales.