Este artículo explora la potencialidad de las Juntas de Acción Comunal (JAC), instancias básicas de organización y participación comunitaria en Colombia, para insertarse en redes de gobernanza rural. Se presentan resultados de un estudio de caso múltiple con comunidades rurales de seis municipios del departamento de Nariño. Esta investigación participativa, basada en la comunidad, señala problemas de gobernanza territoriales y retos transversales de las JAC que develan dinámicas intraorganizacionales y la imposición de lógicas sectoriales y burocráticas que, en conjunto, condicionan las relaciones Estado-sociedad y amenazan la organización e incidencia comunitaria en el contexto rural.