Objetivo: describir la experiencia de la misión médica en el marco del conflicto armado en dos municipios colombianos. Métodos: investigación cualitativa con enfoque de estudio de caso comparativo a través de 22 entrevistas y 3 grupos focales. Para el tratamiento de la información se utilizaron técnicas del análisis de contenido. Resultados: en el marco del conflicto, en especial por las restricciones de movilidad, se presentaron dificultades para la prestación y el acceso a los servicios de salud, y el acceso a medicamentos. Se reportaron transgresiones a la Misión Médica como infracciones contra la vida y la infraestructura, y violaciones al secreto profesional. Se recomienda durante el post-acuerdo mejorar las condiciones laborales y la formación del personal de salud, incluyendo la capacitación en derecho internacional humanitario. Conclusión: el conflicto armado afectó en forma sustancial al personal de salud y la prestación del servicio.