La Mieloencefalitis Protozoaria Equina (EPM) es una enfermedad neurológica infecciosa con alto porcentaje de mortalidad que afecta a los equinos que comparten hábitat con su hospedero definitivo; sin embargo no ha sido muy reportada en regiones endémicas. En Colombia, país de amplia distribución del hospedero, es consultado un médico veterinario por un caso clínico de un equino con sintomatología neurológica y muscular compatible con EPM. Se inicia tratamiento con antibiótico y anticoccidial ante la sospecha de esta patología y remite una muestra de sangre para confirmar el diagnóstico en el laboratorio. La muestra fue positiva a la toxina sarcocistina producida por el protozoo S. neurona. El equino respondió positivamente y se recuperó totalmente a los cinco meses del tratamiento. Este reporte evidencia la importancia de tener en cuenta esta patología como diagnóstico diferencial con el fin de instaurar un tratamiento eficaz lo antes posible generando un pronóstico favorable y, por ende, una recuperación del paciente.