Los bancos de germoplasma de microorganismos son lugares donde se guarda, se conserva y se protege la biodiversidad de microorganismos de Colombia asociados al sector agropecuario. AGROSAVIA se ha encargado de conservar la biodiversidad y promover su uso mediante proyectos de investigación. En 1996, el SNBGNC se organizó con tres bancos: animal, vegetal y microorganismos, que se conocen hoy en día como los Bancos de Germoplasma para la Alimentación y la Agricultura (BGAA), manejados con estándares de curaduría especializada y, a partir del 2018, mediante la resolución proferida por el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural (MADR), se delegó su administración a AGROSAVIA