Hepatozoon canis son protozoarios transmitidos a perros principalmente por garrapatas de la especie Rhipicephalus sanguineus. En Colombia se ha detectado H. canis; sin embargo, solo se dispone de un estudio empleando la técnica de PCR para la detección de este hemoparásito. En este trabajo se reporta una frecuencia de infección de 8.6% (30/350 muestras). Se detectó la presencia de de H. canis en muestras de sangre de caninos domésticos de la ciudad de Cúcuta (Colombia), mediante PCR en tiempo real, empleando la tecnología de sondas de hibridación con detección dúplex y control interno de amplificación GADPH, utilizando cebadores y sondas diseñados en el presente estudio.