Este estudio pretende realizar una comparación de gobiernos universitarios de dos universidades latinoamericanas, la Universidad de Guayaquil (Universidad Pública del Ecuador) y la Universidad de Concepción (Universidad privada de Chile), poniendo especial énfasis en los aspectos específicos de la figura de la autoridad máxima universitaria (Rector) y la estructura organizacional funcional en el contexto de la conformación del Gobierno de sus Instituciones. La temática abordada no sólo es importante por el incipiente interés que ha despertado en el campo investigativo, sino que además, por ser un tema escasamente investigado en América Latina, ya que sólo países como México, Argentina y Chile, han desarrollado investigaciones orientadas a la autoridad máxima universitaria, pero escasamente relacionados con el tema de las estructuras organizacionales de sus gobiernos corporativos, ya que la mayoría de los estudios existentes se relacionan con el gobierno universitario desde una perspectiva teórica y la reflexión en torno a éste, de elementos como el poder y la legitimidad, entre otros, por lo que los resultados de esta investigación entregarán nuevos conocimientos sobre la materia. Los resultados del Estudio muestran las principales diferencias y similitudes del objeto de estudio de estas dos instituciones.