El objetivo de este estudio fue evaluar la asociación entre parámetros convencionales y computarizados de calidad seminal con la evaluación por citometría de flujo de semen bovino congelado. El semen de 10 eyaculados de cinco toros fue congelado. Se evaluó la movilidad total (MT), la movilidad progresiva (MP), la velocidad lineal (VSL), la velocidad curvilínea (VCL) y la velocidad media (VAP) del semen descongelado utilizando el sistema SCA®. La morfología normal (MN), la vitalidad del esperma (VE) y la integridad funcional de la membrana se evaluaron mediante la tinción con eosina-nigrosina y la prueba hipoosmótica (HOST). El potencial de membrana mitocondrial (∆ΨM) y la estabilidad de la membrana se evaluaron por citometría de flujo a través de las sondas DiOC6(3)/PI y M-540/Yopro-1, respectivamente. Se calcularon coeficientes de correlación de Pearson y se ajustaron modelos de regresión lineal múltiple (p<0.05). Se hallaron correlaciones positivas entre ΔΨM-Alto y ΔΨM-Medio con diferentes parámetros de calidad seminal (p<0.05). Así mismo, se encontraron coeficientes de correlación positivos entre la población de espermatozoides no-criocapacitados no-apoptóticos (M-Y-) y todos los parámetros evaluados (p<0.05). La mayoría de los coeficientes de regresión para las poblaciones de espermatozoides con mayor ΔΨM y estabilidad de membrana, indicaron incrementos significativos en la calidad del semen congelado-descongelado (p<0.05). Se concluye que la actividad mitocondrial y la estabilidad de membrana evaluadas por citometría de flujo, están asociadas con la calidad espermática estimada por métodos convencionales y computarizados, en el semen bovino criopreservado.