Para garantizar la inocuidad y la vida util de muchos alimentos procesados, la industria de alimentos ha hecho uso de conservantes artificiales que cada vez son mas cuestionados y reemplazados por alternativas naturales como son los cultivos bioprotectores. Las bacterias acido lacticas (BAL) y acido propionicas (BAP) son los grupos bacterianos mas reconocidos por su accion antimicrobiana sobre bacterias patogenas y en menor grado sobre hongos. El presente estudio evaluo la funcionalidad antifungica de tres cepas de Lactobacillus casei, tres de L. rhamnosus y tres de Propionibacterium freudenreichii sobre aislados de Mucor circinelloides y Geotrichum candidum y el efecto de factores como la pasterizacion (74°C, 3 min) y el medio de crecimiento de los cultivos bioprotectores (leche y BRFS) sobre esta. Los ensayos reto con cultivos bioprotectores sin y con tratamiento termico realizados por triplicado en modelos lacteos (agar yogur) arrojaron los siguientes resultados de acuerdo con una escala cualitativa de crecimiento fungico: (1) diferentes cepas de BAL y BAP divergieron en funcionalidad bioprotectora, (2) el tratamiento termico elimino o redujo sustancialmente el poder antifungico de los cultivos con la excepcion de P. freudenreichii subsp. shermanii BPL0082 y (3) los cultivos desarrollados en medio BRFS presentaron mayor capacidad de inhibicion.