Las demandas sociales generan tensiones a las universidades, afectándose el funcionamiento del sistema de educación superior; la gobernanza universitaria se ha convertido en un tema de investigación importante debido al papel que desempeña. La aplicación práctica de la gobernanza universitaria posibilita la obtención de resultados más pertinentes, sin embargo, hay varios elementos que impiden el despliegue de todo su potencial. El alineamiento estratégico contribuye a la obtención de resultados superiores en organizaciones de diversa índole. La idea científica que defiende este artículo es la justificación del alineamiento estratégico como un principio para la gobernanza universitaria. El objetivo es analizar la integración del alineamiento estratégico a la práctica de la gobernanza universitaria como un principio que garantiza la obtención de mejores resultados en beneficio de la sociedad. La metodología es descriptiva; los métodos utilizados con el analítico-sintético y el hipotético-deductivo. Las conclusiones apuntan a la necesidad de justificar el alineamiento estratégico como un principio de la gobernanza universitaria: así como identificar los distintos factores de alineamiento que pueden presentarse.