Este artículo corresponde a un estudio cualitativo que, por medio de la teoría fundamentada, buscó conocer los desafíos que deben enfrentar los equipos directivos en el contexto de gobernanza universitaria en tiempos de crisis sociosanitaria. Para ello, se realizaron entrevistas focalizadas a 12 directivos de nivel alto que ejercen actividades en diversas universidades regionales chilenas al momento de estallar la crisis por la covid-19, y que debieron modificar el trabajo presencial administrativo y académico presencial por la modalidad teletrabajo/online. De este modo se identificaron cinco grandes categorías de análisis: preparación ante la crisis, fortalezas, dificultades, desafíos y aprendizajes derivados de la gestión en tiempos de pandemia. Por otra parte, se observan los desafíos en el área de competencias relacionales que favorecen el liderazgo y la gestión.