El presente trabajo de investigación pretende dilucidar un instrumento jurídico, como la doctrina del margen de apreciación, en relación con el deber de investigar, juzgar y sancionar las graves violaciones de derechos humanos en conexidad con los derechos de las víctimas a obtener verdad, justicia y reparación, en un contexto de justicia transicional. Para lograr ese propósito se proponen tres matices analíticos: el primero, conceptualiza el contexto de justicia transicional, el enfoque adoptado por Colombia y el marco legislativo en el que se sustenta; el segundo comprende, a grandes rasgos, la doctrina del margen de apreciación tanto en el Tribunal Europeo de Derechos Humanos [TEDH], como en la Corte Interamericana de Derechos Humanos [CIDH]; y el tercero desarrolla el margen de apreciación como mecanismo de defensa del Estado colombiano respecto del deber de investigar, juzgar y sancionar las graves violaciones de derechos humanos, en conexidad con los derechos de las víctimas a obtener verdad, justicia y reparación.