La microbiota intestinal sana se define a partir de la presencia de grupos de microorganismos que potencian el metabolismo del huésped. Estos microorganismos le confieren resistencia ante las infecciones, así como ante procesos inflamatorios y frente al desarrollo de neoplasias o autoinmunidad. Además, favorecen las funciones endocrinas y colaboran con la función neurológica a través del eje intestino-cerebro. Por otro lado, el trasplante de microbiota fecal consiste en la introducción de una suspensión de materia fecal de un donante sano en el tracto gastrointestinal de otra persona, que generalmente es un paciente que presenta una patología concreta. Esto se realiza con el fin de manipular la composición de la microbiota del destinatario y contribuir al tratamiento de su problema. El concepto de trasplante de microbiota fecal rompe con la consideración tradicional de las bacterias como elementos dañinos y presta atención a las que, probablemente, son las más subvaloradas de las excretas del cuerpo humano: las heces. En efecto, se ha evidenciado su alta eficacia y el procedimiento es reconocido por el número de pacientes a los que ha ayudado, que se puede ya cifrar en miles. El objetivo de esta revisión de literatura fue describir aspectos básicos para comprender el trasplante de microbiota fecal enfocado al tratamiento de infecciones producidas por Clostridioides difficile.