Se presentan algunos nodos problémicos en la configuración de la enseñanza de la biología, que posibilitan interrogar el lugar de la pedagogía en su devenir en la historia de la escuela colombiana, con el propósito de contribuir a la constitución actual de su objeto. Una mirada genealógica al archivo —1890-2016—permite decir que la biología emerge en la escuela colombiana en la primera mitad del siglo pasado a propósito de condiciones relacionadas con la educación y los fines socioculturales. Su enseñanza ha estado vinculada con hacer ciencia en la escuela y se ha relacionado con las ciencias naturales —en cuanto a las nociones de integración e interdisciplinariedad—y, en la actualidad, con su desplazamiento a propósito de la educación ambiental y la interculturalidad. Estas se proponen como nodos que señalan la ausencia de la pedagogía en su configuración o su reducción a las ciencias de la educación, al intento de reproducción de la ciencia biológica y a la didáctica, entendida como las formas de hacer ciencia en la escuela.