La fauna subterránea obligada, así como muchas otras especies subterráneas categóricas (troglófilos y troglóxenos), dependen en gran medida de los hábitats subterráneos y, por tanto, son altamente vulnerables a las amenazas que resultan del cambio ambiental y la alteración y degradación del entorno. Las amenazas mencionadas varían con respecto al alcance, fuente, gravedad y el momento entre especies, regiones kársticas y continentes. Algunas amenazas, como el cambio climático y la contaminación de las aguas subterráneas, son de alcance global (Culver y Pipan, 2009). Sin embargo, los efectos del cambio climático y la contaminación de las aguas subterráneas varían a escala regional y local. Así, también otro tipo de amenazas afectan poblaciones y especies subterráneas a escala local o regional, por ejemplo, actividades tales como la minería y las canteras, la extracción de aguas subterráneas y la recolección científica y/o amateur tiene grandes repercusiones para estos hábitats. Muchos aspectos de la historia de vida son comunes para muchos troglobiontes y, en cierta medida, están asociados con el incremento del riesgo de extinción, incluyendo bajas tasas reproductivas y limitada capacidad de dispersión. Por tanto, el rescate de la población suele ser mucho más lento y, a su vez, el riesgo de extinción resulta mucho mayor en relación con las poblaciones de especies de superficie. Además, muchos troglobiontes pueden ser particularmente sensibles a pequeñas fluctuaciones de variables abióticas tales como temperatura, humedad, oxígeno disuelto y concentraciones de metales pesados, entre otros. En consecuencia, cualquier perturbación durante la hibernación o cuando las hembras están criando a los jóvenes puede tener efectos perjudiciales de largo alcance sobre el reclutamiento y la supervivencia de las poblaciones locales. En Sur América hay al menos tres sistemas de cavernas con alta diversidad de troglobiontes, según informan Deharveng y Bedos (2012). Del mismo modo, más recientemente, cuatro sistemas de cuevas han sido identificados como puntos de fauna troglobítica en Brasil, estos son: el sistema de cavernas de Areias (24+ troglobiontes), el sistema de cavernas de Alambari (16 especies), la cueva de Parede Vermelha (12+ especies) y la cueva de Olhos Dágua (Trajano et al., 2016). A pesar de estos factores biológicos y de muchas amenazas documentadas y sospechadas, solo una pequeña fracción de la biodiversidad subterránea recibe alguna protección directa bajo la legislación internacional, nacional o regional. En comparación con los vertebrados, los invertebrados subterráneos y otros organismos han sido en gran medida descuidados en los estudios de conservación, evaluaciones y decisiones políticas, esto, incluso a pesar de que su diversidad es significativamente mayor. Cabe destacar, entonces el papel de los servicios de las aguas subterráneas y los ecosistemas subterráneos, pues a veces los altos niveles de endemicidad resultan de gran beneficio para la humanidad.