En lotes de las variedades Caturra y Bourbón se evaluaron dos patrones sistemáticos de muestreo para determinar cuál es el más eficiente para estimar la incidencia de la roya del cafeto. Se determinó la incidencia actual de la enfermedad en el tercio medio de cada árbol del lote seleccionado. La comparación de cada patrón se basó en el sesgo y el error estándar de las incidencias estimadas obtenidas mediante simulación bajo diferentes combinaciones de tamaño de muestra, incidencia promedio y distribución espacial de incidencia. El patrón sistemático de hileras paralelas fue tanto o más eficiente que el plan tradicionalmente recomendado en forma de W. Para obtener mejores estimadores parece más importante el número de hojas por árbol que el número de árboles por lote. Se describe el protocolo recomendado para estimar la incidencia de roya en los cafetales.