El cerebro es el órgano más desconocido del cuerpo humano. Por ello, para su estudio se utilizan modelos animales, entre los que destaca la Drosophila o mosca de la fruta, que tiene un cerebro pequeño, en comparación con el de otras especies superiores, puede ser manipulado genéticamente y reproducirse en periodos de tiempo muy cortos. Entre los temas de estudio se encuentra el de conocer más a fondo la función de las neuronas dopaminérgicas, células cerebrales responsables de producir la dopamina, mensajero químico del sistema nervioso central, y enviarla a otras neuronas del sistema nervioso. Estas neuronas están involucradas en una amplia variedad de procesos biológicos, esencialmente en la motivación, el movimiento y las tareas intelectuales. Así pues, la degradación de estas células puede dar lugar a una variada gama de patologías, entre las que se encuentran el Parkinson y la esquizofrenia. Para su estudio las células dopaminergicas o sus paredes en moscas son teñidas e imágenes 3D de microscopía confocal del cerebro son adquiridas para su identificación y conteo. Esta tarea es larga, tediosa, subjetiva, imprecisa y consume mucho tiempo. Por esta razón, en este trabajo se introduce un nuevo método para la identificación y conteo automático de células dopaminérgicas basado en técnicas de procesamiento de imágenes. La técnica implementada como un plugin del programa de libre acceso imageJ permite una medición rápida y mucho más exacta de las células dopaminérgicas.