La microbiota intestinal es el conjunto de millones de microrganismos vivos ubicados en el tracto gastrointestinal. Es indispensable en múltiples funciones del organismo, regulación de la inmunidad, en aspectos nutricionales y procesos de inflamación sistémica entre otros. La disbiosis es la alteración del equilibrio de la microbiota normal, debido a cambios en la composición, funcionamiento, orden o su distribución; esto puede predisponer al individuo a la adquisición de enfermedades gastrointestinales, alérgicas y metabólicas, entre otras. El objetivo del presente artículo es realizar una revisión narrativa de la literatura sobre los conceptos claves de la microbiota intestinal, sus asociaciones fisiopatológicas con desórdenes gastrointestinales, alérgicos y metabólicos en pediatría.