El Lago de Tota es una fuente hídrica de gran importancia a nivel regional y nacional dado su valor ambiental y económico, este último representado por actividades agrícolas, pecuarias y piscícolas. Estas actividades han contribuido a la contaminación observada en la actualidad, siendo esta una problemática ambiental en constante ascenso, donde la salud, el desarrollo de las comunidades y los procesos ecológicos, se han visto afectados. De hecho, el Lago de Tota ha sido catalogado como uno de los ecosistemas más amenazados del planeta por la red mundial de humedales. A pesar de la problemática ambiental que representa la contaminación del Lago, son muy pocos los estudios que indagan acerca del daño genético generado por la exposición a los agentes tóxicos presentes en esta cuenca. A este respecto un modelo biológico óptimo para estudios de genotoxicidad lo constituye el pez cebra, dada su alta homología genética con el humano, así como su capacidad de regeneración, adaptación y respuesta inmune ante altas concentraciones de compuestos químicos como los plaguicidas. Esta revisión se enfoca en reportes recientes sobre la contaminación del Lago de Tota y en el uso de modelos biológicos para estudios de genotoxicidad.